在摇臂钻上钻孔常用的夹具有夹板、平口钳等。单件、小批量加工时钻孔操作步骤如下:划线，钻孔前，按照图样上的钻孔位置，在工件上划出孔的中心线及孔的轮廓线，并在孔中心位置及各圆周上打样冲眼。预钻忽窝。
刚开始在摇臂钻上钻孔时，以手动调整工作台即移动工件，目测使钻头轴线与工件孔中心重合，然后略钻一浅坑，观察孔位置是否偏斜。若钻头轴线对准孔中心，则可进行钻孔。钻削操作，对于通孔，在钻头即将钻通时，应减速进给速度，以防止钻头突然出孔，折断钻头。孔距的精度要求较高，则应采用中心孔作向导。若是多孔的工件，则可利用摇臂钻的铣床工作台进给手柄刻度盘上的刻度来控制工作台的移动距离，准确地按其中心距对下一个孔的位置进行定位，同时还可以参照孔的划线位置，进一步确定孔的位置是否正确。
如果孔坑偏斜，则应校准。方法是:在浅孔坑与划线距离较大处磨几条浅槽，落下钻头试钻。待孔坑校准后才可以钻孔。对于工件直径较大或是圆周等分的孔，可将工件用压板装夹在回转工作台上进行钻孔。钻孔前，应先校正回转工作台与工作台台面垂直，并校正圆周等分孔的回转轴线与回转工作台主轴轴线相重合。
钻孔的操作步骤是按照要求，划出各孔的中心位置线和孔的轮廓线，按照要求打样冲眼。擦净机床表面后，在床面上涂抹润滑油。安装回转工作台，并校正工作台轴线与立铣头轴线平行，且两轴线的距离尺寸47.5正负0.05mm。将其纵向、横向进给紧固。用回转工作台心轴，定位圆盘工件上已加工好的中心内孔。将四块等高的小垫块垫在工件下面。注意，垫块位置应避开钻孔位置，用压板和螺栓压紧。在摇臂钻铣床上安装钻头，调整回转工作台，使钻头轴线对准钻孔中心后，紧固回转工作台。打开切削液，开始钻孔。